1925 год, западная Германия, Дортмунд.
После уничтожения Врат, соединяющих мир алхимии с нашей реальность, братья Элрики отправились путешествовать, исколесив почти все уголки Немецкого государства. В Дортмунде они натыкаются на древнюю легенду о человеке, который умел создавать человекоподобных существ с необычайными способностями. Известно,что сохранились свитки с его записями, которые хранятся в церкви Святого Петра. По описанию существа напоминают химер, но на их телах были особые отличительные знаки, напоминающие Соломонову печать. Эдвард и Альфонс, в душе лелеющие возможность хоть на мгновение вернуться в свой мир, решают проверить правдивость этой истории.
В это время в Аместрисе появляются два алхимика, называющие себя "Вечными". (Когда-то связались с нечистой силой, возжелав вечно оставаться молодыми. Для этого соединили себя с философским камнем, но при помощи Соломоновой печати смогли избежать превращения в гомункулов). О них было мало что известно, и по городу прокатилась волна слухов. Люди небольшого ума утверждали, что они посланники дьявола и пришли в этот мир, что бы наказать всех за тяжкие грехи. Кто-то говорил, что они прибыли из другой реальности. В чем-то все были правы.
Алхимики встречаются с Грумманом, занявшим пост фюрера, и просят разрешения на проведение исследований, о сути которых умалчивают, говоря, что "это изменит взгляды человечества на мир". Все это кажется фюреру подозрительным, ведь именно в это самое время они расследуют череду нападений и краж в исполнении банды гастарбайтеров (анкорд, все ты; Линг Яо и его подчиненные из Ксинга), как говорят из Ксинга, которые явно ищут что-то ценное в городе. Но скрепя сердце мужчина соглашается.
В городе появляется Данте, полная сил и идей, как воссоздать свою армию гомункулов. После убийства Эдварда, она была съедена Обжорством, но чудом умудрилась совершить преобразование и покинула тело гомункула в виде странствующего призрака. После смогла воссоздать свое тело при помощи философского камня, тем самым возродив убитого Маеса Хьюза и гомункула Мартель. Последняя, узнав, что ее хозяина убили, приходит в ярость и загорается сильным желанием отомстить Стальному.
Услышав о новых алхимиках, Данте находит ученика и предлагает ему сделку: помощь в обмен на неограниченную силу. Жадный паренек соглашается, ничего не говоря своему учителю (Данте просит сделать это их "маленьким секретом")
Учитель начинает свои исследования и открывает портал между двумя параллельными мирами. В это же время Эд и Ал открывают такой же портал в нашем мире. Их затягивает и проход закрывается. Теперь им предстоит раскрыть тайну ученика и учителя. Грумман вызывает бригадного генерала Мустанга и просит воссоздать свой отдел и начать собирать информацию об алхимиках. (Звание ему вернули сразу после битвы с солдатами общества Туле, а после решили еще и повысить до бригадного генерала, а вот вернуть в штаб не спешили,оставили на том же посту). Данте, полностью поглотив разум ученика, создает новых гомункулов и все с той же целью (заставить Элриков создать для нее полноценный камень) отправляет их на поиски, объединив с Мартель. Учитель создает химер и отдает их армии, на благое дело. Тем временем в город приезжает Оливия Армстронг. Она нашла древнюю библиотеку под развалинами Ксеркса, где хранились свитки, идентичные тем, что нашли Эдвард и Альфонс. Мустанг просит братьев вернуться к военной службе и тем приходится согласиться (Эд руководствуется все той же мыслью, что так у него будет больше доступа к секретным файлам). Помня о способностях Алекса Армстронга, Рой решает рубить с плеча и отправляет его к учителю, что бы тот узнал как можно больше о происходящем. Тот начинает подозревать неладное, но после попытки бежать, ловко предотвращенной майором и беседы с обаятельным качком, успокаивается и раскрывает почти все карты.
Эдвард отправляется в Ризенбург и просит Уинри изготовить ему автоброню, покрепче данной. После они с братом начинают собственное расследование. Ученик, сообразивший к чему дело идет, становится настолько самоуверенным, что решает устранить нежелательных визитеров своими силами. Бой он проигрывает, зато этим помогает Данте напасть на след братьев. Она узнает, что Уинри и Эд имеют романтические отношения по отношению друг к другу и берет девушку в заложники, решив, что и из нее может получиться неплохой гомункул. Новые гомункулы рассказывают ученику о бывшем фюрере, Кинге Бредли, и ему удается установить связь с его духом. Бредли раскрывает ему слабое место бригадного генерала Мустанга, и ночью парень нападает на штаб, сильно ранив лейтенанта Хоукай.
В стране готовится очередной переворот. Эдвард, Альфонс и Рой, в сопровождении семейки Армстронгов, учителя и созданных им химер, врываются в особняк Данте. Девушка использует оставшийся камень и овладевает душами химер, заставляя их нападать на алхимиков. Силы обеих сторон оказываются неравны. Битва обещает быть кровопролитной и тяжелой. Так чем же все закончится? Неужели мир падет к ногами бесстыжей женщины, готовой пойти на все ради создания философского камня? Ведь если соединить его с Соломоновой печатью, можно получить мощнейшее оружие. Каков же будет исход этого противостояния?
